DE LA USSDNA:
De Los Oligos:
De La Secuenciación:
Misión
La optimización de tiempos de uso de sintetizadores y secuenciadores, así como el mejoramiento en la infraestructura de la USSDNA, permitió ir extendiendo de manera gradual ambos servicios a un gran número de instituciones académicas y privadas de la República Mexicana, manteniendo la prioridad de los usuarios del IBt sobre los usuarios externos.
La síntesis química de oligonucleótidos se lleva a cabo en sintetizadores automatizados de DNA, mediante el método de fosfitotriéster en fase sólida, usando ß-cianoetil fosforamiditos de dA, dT, dG y dC como materia prima y otros químicos adicionales para completar cada acoplamiento nucleotídico.
La secuenciación de DNA se realiza por el método de Sanger, usando didesoxiterminadores fluorescentes y un secuenciador automatizado de DNA que funciona a base de capilares, en los cuales se realizan las separaciones electroforéticas.
La síntesis química de oligonucleótidos se lleva a cabo en sintetizadores automatizados de DNA, mediante el método de fosfitotriéster en fase sólida, usando ß-cianoetil fosforamiditos de dA, dT, dG y dC como materia prima y otros químicos adicionales para completar cada acoplamiento nucleotídico.
La secuenciación de DNA se realiza por el método de Sanger, usando didesoxiterminadores fluorescentes y un secuenciador automatizado de DNA que funciona a base de capilares, en los cuales se realizan las separaciones electroforéticas.
Objetivos y Justificación
Hace 21 años, la importación de reactivos a nuestro país, incluyendo los oligonucleótidos sintéticos, era un proceso lento que podía demorar hasta tres meses y afectaba de manera directa el rápido desarrollo de los proyectos de investigación. Actualmente, estos periódos se han reducido a 30-45 días, pero aún así continúan siendo prolongados para realizar investigación de alto rendimiento. Para tratar de ofrecer el mejor servicio tanto a usuarios del IBt, como a usuarios de otras dependencias e instituciones, en la USSDNA nos planteamos los siguientes objetivos:
Personal Adscrito a la USSDNA
Comité Técnico de la USSDNA
La USSDNA está dividida en dos laboratorios localizados en el segundo piso del edificio sur del IBt. El primero de ellos, ubicado entre el laboratorio 6 y la unidad de computo, ocupa un área de 49 m2 y alberga la parte de síntesis de oligonucleótidos. El otro laboratorio, con aire acondicionado obligatorio permanente, está ubicado entre los laboratorios 8 y 9. Ocupa un área de 15 m2 y alberga la parte de secuenciación de DNA.
La USSDNA cuenta con dos sintetizadores automáticos de DNA (Applied Biosystems, modelos 391 y 394) capaces de ensamblar oligonucleótidos de 2 hasta 100 nucleótidos de longitud. En conjunto, estos instrumentos pueden sintetizar aproximadamente 32 oligonucleótidos en 20 horas de funcionamiento continuo.
Adicionalmente, se cuenta con un sintetizador de alta productividad (BioAutomation, modelo MerMade 192) capaz de ensamblar de manera simultánea 192 oligonucleótidos de tamaños similares en un solo día.
En cuanto a secuenciación, se cuenta con un secuenciador automático de DNA de 16 capilares (Applied Biosystems, modelo 3130xl), capaz de dar lecturas promedio de 900 bases y analizar 192 muestras por día.
Servicios
Pago De Los Servicios
Para facilitar los trámites de administración, todos los grupos de investigación del IBt gozan de un año de crédito. Los oligonucleótidos y las secuencias del año de servicio deben pagarse al inicio del siguiente año. Los pagos se pueden hacer por transferencia de presupuesto UNAM de cada laboratorio al presupuesto de la USSDNA, inicialmente en cero al inicio de cada año. También es posible realizar los pagos de proyectos de CONACyT u otras fuentes a través de pedidos de materiales o reactivos para la USSDNA o bien a través de la generación de recibos oficiales de la UNAM. Sin embargo, en este último caso, el adeudo se incrementa 30% a fin de cubrir el porcentaje retenido por la administración de la UNAM y por el IBt.
Todos los usuarios externos deben pagar a través de depósitos mediante «fichas de depósito referenciadas» emitidas por la USSADN vía el Mtro. Jorge Yáñez Ponce de León (jay@ibt.unam.mx) al momento de cotizar su solicitud.
Horario de Atención
Las muestras deben ser enviadas a la siguiente dirección: Mtro. Jorge Yáñez Ponce de León Unidad de Síntesis y Secuenciación de DNA Instituto de Biotecnología -UNAM Av. Universidad #2001 Col. Chamilpa Cuernavaca, Morelos 62210 Tel: (777) 3 29 77 12
Escalas De Síntesis
Todos los oligonucleótidos de 30 bases o menos serán sintetizados en escala de 50 nmol, salvo que se solicite de manera explícita la escala de 200 nmol. Todos los oligonucleótidos de 31 bases o más y aquellos degenerados de cualquier tamaño, sólo se sintetizarán en escala de 200 nmol debido a limitaciones en la infraestructura. En escala de 50 nmol se garantizan al menos 120 µg de oligonucleótido, mientras que en la escala de 200 nmolas se garantizan 500 µg.
Instrucciones Para Solicitar Oligos
Control de calidad de oligonucleótidos
– La USSDNA se compromete a entregar oligonucleótidos desalados de alta calidad, en los que se observe una sola banda por UV shadowing al ser analizados por electroforesis en gel de poliacrilamida.
– La cuantificación se realiza por espectrofotometría de absorción de luz ultravioleta a 260nm.
Entrega de oligonucleótidos.
Los oligonucleótidos se entregan desalados, disueltos en agua estéril, junto con un reporte de síntesis que incluye la clave del oligonucleótido asignada por el solicitante, la secuencia, la concentración, el volumen total, la temperatura de fusión (Tm) y la cantidad de agua y «stock» para preparar 100 µl de una solución 10 µM (pmol/µl) del oligo en cuestión.
Los oligonucleótidos pueden ser recogidos directamente en la USSDNA, de 9:00 a14:00 hrs y de 16:00 a 21:00 hrs de Lunes a Viernes. Esto es muy conveniente para los clientes de Cuernavaca porque normalmente tienen sus productos más rápido que los clientes de otras ciudades. Los oligonucleótidos pueden ser enviados a través de valija a la Coordinación de la Investigación Científica, en CU, sin costo de envío para los clientes del Distrito Federal y área conurbada. Pueden ser enviados a cualquier parte del país, cobrando el costo de envío por algún servicio de mensajería. Se recomienda guardar el oligonucleótido stock a -20ºC para alargar su vida media y a 4ºC la solución diluida que se estará usando en los experimentos.
Purificación de oligonucleótidos. La purificación de oligonucleótidos, laboralmente demandante, no es necesaria para la mayoría de aplicaciones biológicas y en cambio, hace que se descuide el proceso de producción. Por ello, la USSDNA se reserva el derecho de «aceptar o negarse» a purificar oligonucleótidos, dependiendo de la carga de trabajo que se tenga en ese momento. El personal de la USSDNA puede asesorar a los clientes en esta labor de purificación.
Instrucciones Para Solicitar Secuenciación
Attn.
Mtro. Jorge Yáñez Ponce de León
Unidad de Síntesis y Secuenciación de DNA
Instituto de Biotecnología -UNAM
Av. Universidad #2001
Col. Chamilpa
Cuernavaca, Morelos 62210
Tel: (777) 3 29 77 12
m13/pUC -40 Fw 5´-GTT TTC CCA GTC ACG TTG TA-3´
m13/pUC Rv 5´-TTG TGA GCG GAT AAC AAT TTC-3
T7 PRIMER 5´-TAA TAC GAC TCA CTA TAG GG-3´
T3 PRIMER 5´-CGC ATT TAA CCC TCA CTA AAG-3´
SK PRIMER 5´-CGC TCT AGA ACT AGT GGA TC-3´
KS PRIMER 5´-TCG AGG TCG ACG GTA TCG-3´
Resultados de secuencia.
Los resultados de secuencia se podrán descargar del servidor de secuencia al 3er día hábil de haber recibido la muestra, utilizando la clave y contraseña del servidor pbr de cada usuario. En el caso de usuarios externos, los resultados serán enviados por correo electrónico.
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Para mayor información sobre síntesis de oligonucleótidos o secuenciación de DNA, favor de contactar a:
Dr. Paul Gaytán Colín (paul@ibt.unam.mx)
Teléfonos:
Red UNAM: 27604
Cuernavaca: (777) 3 29 16 04
D.F. (55) 56 22 76 04
M. en C. Jorge Yáñez Ponce de León (jay@ibt.unam.mx)
Teléfonos:
Red UNAM: 27712 o 27604
Cuernavaca: (777) 3 29 16 04 o (777) 3 29 17 12
D.F. (55) 56 22 76 04 o (55) 56 22 77 12