La re-secuenciación de paneles involucra el aislamiento de regiones genómicas de interés permitiendo una reducción sustancial en los costos de secuenciación para la detección de variantes somáticas y germinales. Existen paneles prediseñados para secuenciar exoma completo, grupos de genes relacionados a determinados padecimientos o grupos de genes de selección personalizada. El aislamiento es mediante captura por hibridación o por métodos basados en amplificación por PCR.