Metagenómica y 16s rDNA
En estudios con enfoque metagenómico, el ADN aislado de muestras ambientales es fragmentado para generar bibliotecas genómicas estándares para su secuenciación e identificación de genes y genomas presentes en cada muestra. También existe la opción de secuenciar por métodos basados en amplificación por PCR pequeñas regiones del ADN bacteriano (16s ARN ribosomal) para identificar con gran precisión las especies presentes en cada muestra evaluada.