Los RNAs pequeños maduros son estructuralmente distintos al resto de las moléculas que componen el transcriptoma y tienen un tamaño definido entre 20-30 pb. Presentan un extremo 5’ monofosfato requerido para poder ligar uno de los adaptadores necesarios para la construcción de una librería. En ambos extremos de cada RNA pequeño son ligados adaptadores para la generación de cDNA de doble cadena mediante la técnica de RT-PCR. El ADN resultante está listo para la secuenciación y análisis todas las especies de RNAs pequeños presentes en una muestra.